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Oxford Nanopore开发连接智能的纳米孔测序仪

牛津納米孔技術公司透露,正在開發一種連接智能使用的納米孔傳感器,用于DNA測序和其他應用中。公司還對其他研發中的新産品進行了介紹。另外,該公司成立了一家分公司,名爲GenomeFoundry,關注合成生物學的應用。

開發連接智能使用的納米孔儀器SmidgIon

公司首席技術官CliveBrown透露,這款新型納米孔儀器稱作SmidgIon,正處于早期研發階段,預計在2017年末可以投入使用。該産品同樣將使用應用于MinIon和PromethIon儀器的核心納米孔傳感技術,但是該儀器將比MinIon更小,每個flowcell中有256個channel,可以連接到智能上或者其他低功率儀器上,用于感應DNA、RNA或蛋白質。

據公司透露,SmidgIon可應用于更加廣泛的領域,包括疾病爆發中的病原體監測,分析環境樣本或者農業樣本,對于野生動植物或木材進行實時物種鑒定。

其他正在開發中的産品

Brown說,另一個處于早期研發階段的産品稱作ProjectZumbador,該産品將生物學樣本的核酸提取和文庫制備結合但是每種制品所要求的材料特性不1到一個設備中,將在第三季度發布。

公司同時還在研發MinIon和PromethIon上直接進行RNA測序的kits,這項産品計劃在接下來的幾個月內提供給。公司表示,該産品可利用adapter和馬達蛋白控制RNA移位,指導RNA進入納米孔。Oxford使用這種方法已經對來自人類鼻病毒的RNA進行了測序,並表示直接進行RNA測序可以檢測到RNA上的甲基化修飾。

另外一個産品VolTrax是一款樣本制備儀器,將在今年秋天提前供應給目前使用Oxford納米孔測序平台的客戶。公司表示,便于操縱首批發布的儀器VolTrax將依附在一個小型USB儀器上,然後附著于MioIon或者PromethIon儀器上。

OxfordNanopore同樣還計劃不久後實現進口下滑其實不意味著國外裝備使用率降落MinKonw平台堿基識別軟件的本地使用。

台PromethIon近期已經出貨

Brown说,台PromethIon近期已經出貨给客户了,他还展示了该平台的一些内部数据,共使用了48个flowcell,每个flowcell中含有3000个channel。使用R9试剂,每个纳米孔每秒测序250个碱基,准确率和小孔利用率都与MinIon一致。该系统目前的性能是运行48小时产生6.2Tb数据,将来会进一步增加至12.4Tb。根据Brown的报告,公司目前正在调试软件用于控制大型数据集的碱基实时识别,优化芯片表面化学试剂以及生产流程,并开发一种快速的碱基识别程序。

全部使用新型納米孔R9

除此之外,Brown表示,OxfordNanopore已經不再出售R7納米孔的flowcell,現在已經全部替換成R9納米孔的flowcell,R9即CsgG,近得到比利時VIB研究所和倫敦大學學院授權。Brown補充道,新型的flowcell還整合了堅固的膜和一個更新的解旋酶馬達蛋白。公司使用新的flowcell測序得到的長讀長爲500kb,目前主要關注于提升通量和同聚物識別能力。

公司在一份聲明中指出,R9系統具有更高的准確率,尤其是對于1Dreads,這種reads僅讀取DNA的一條鏈。新型堿基識別軟件不同于以往的隱馬爾可夫模型,它是基于神經絡模型,進一步提升了准確率。R9型flowcell測序時,每個納米孔每秒測序250個堿基,而R7型每秒多測定70個堿基,因此公司表示換用R9型flowcell後MinIon將産出更多的數據。Brown說,目前1Dreads的准確率爲90,2Dreads准確率爲95。

與R9型flowcell配套,公司正在推出一種快速測序kit。用該kit建庫只需要10分鍾,而且使用的耗材比以前更少,MinIon運行開始後馬上進行數據分析。公司聲明中表示,目前許多早期客戶正在測試這款快速測序kit,它將很快推出市場。

成立分公司GenomeFoundry

Brown後提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry,該公司旨在開發一種用于合成生物學的MinIon,使用專有的、非亞磷酰胺的DNA合成試劑。公司的目的是爲了使用類似于VolTrax的儀器開發長鏈DNA分子。

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